Mežizstrādes dēļ galvenokārt iet bojā parasto putnu sugu ligzdas, jo tādu vienkārši ir vairāk, taču, tā kā mežizstrāde attiecībā uz putnu ligzdu postīšanu nav selektīva, skaidrs, ka
lielā skaitā tiek iznīcinātas arī retu un īpaši aizsargājamu putnu ligzdas,
kas neatrodas īpaši aizsargājamās dabas teritorijās vai mikroliegumos.
Turklāt daļai šo sugu mikroliegumu veidošana vispār nav paredzēta.
Ligzdu iznīcināšana nav vienīgais posts, ko putniem nodara pavasarī veikta mežizstrāde. Sugām, kuru aizsardzībai veidojami mikroliegumi (mazais aizsargājamas teritorijas konkrēto ligzdošanas vietu aizsardzībai) un kuru ligzdas tāpēc netiek iznīcinātas tik lielā skaitā, būtisks ļaunums ir mežizstrādes radītais traucējums. Mikrolieguma izveidošana bieži vien no traucējuma ietekmes nepasargā. Iepriekšējā rakstā jau minēju, kā traucējums mazina melnā stārķa ligzdošanas sekmes. Melnais stārķis ir no šā viedokļa vislabāk izpētītā suga, bet zināms, ka traucējums negatīvi ietekmē arī citas īpaši aizsargājamas putnu sugas, piemēram, medni, rubeni, jūras ērgli un mazo ērgli.
Ne jau tikai putnus ietekmē nelaikā veikta mežizstrāde. Igauņu pētnieki norāda uz veselu virkni problēmu, kas saistītas ar pavasarī veiktu mežizstrādi: augsnes veidošanās palēnināšanās, augsnes mitruma režīma pārmaiņas un erozija, koku barošanās apstākļu pasliktināšanās, sēņu ražas samazināšanās, zemsedzes augu bojāšana, saglabāto koku bojāšana un tai sekojoša bojāeja, labāka patogēnu izplatīšanās. Arī LVMI «Silava» izpētījuši, ka egļu ciršana veģetācijas periodā veicina sakņu trupes izplatību.